Τo Π.Μ.Σ. είναι πλήρους φοίτησης. Στα μαθήματα περιλαμβάνεται θεωρητική διδασκαλία (με μελέτες περιπτώσεων, βιβλιογραφίας και ασκήσεις). Η παρακολούθηση και επιτυχής εξέταση όλων των μαθημάτων είναι υποχρεωτική.
Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν τα τέσσερα μαθήματα του πρώτου εξαμήνου που αντιστοιχούν σε 30 διδακτικές μονάδες (ECTS) και είναι υποχρεωτικά και τα δύο από τα τέσσερα μαθήματα του δευτέρου εξαμήνου που αντιστοιχούν σε 15 διδακτικές μονάδες (ECTS) και είναι επιλογής υποχρεωτικά.
Η Μεταπτυχιακή Διπλωματική εργασία είναι υποχρεωτική και εκπονείται αρχίζοντας από το δεύτερο εξάμηνο (αντιστοίχιση με 15 διδακτικές μονάδες) και ολοκληρώνεται στο τρίτο εξάμηνο σπουδών (αντιστοίχιση με 30 διδακτικές μονάδες), συνολικά αντιστοιχεί με 45 διδακτικές μονάδες.
Για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. απαιτούνται συνολικά 90 διδακτικές μονάδες.
Αναλυτικότερα το πρόγραμμα μαθημάτων έχει ως εξής:
1ο Εξάμηνο(ECTS 30)
- Τεχνολογίες αιχμής στις Καλλιέργειες εκτός εδάφους (Αεροπονία. Υδροπονία). Μικροκλίμα και αυτοματισμοί θερμοκηπίων (ECTS 8)
- Διαχείριση εδαφικών και υδάτινων πόρων.(ECTS 7)
- Ειδικά θέματα βελτίωσης με έμφαση στις παραδοσιακές ποικιλίες. Κηπευτικών, και στους αυτοφυείς πληθυσμούς αρωματικών- φαρμακευτικών φυτών. (ECTS 8)
- Διατροφική ποιότητα και αξία φυτικών προϊόντων. Αναλυτικές, φυσικοχημικές και μοριακές μέθοδοι ταυτοποίησης (ECTS 7)
2ο Εξάμηνο(ECTS 30)
Α) Δύο από τα παρακάτω Επιλογής Υποχρεωτικά μαθήματα (ECTS 15):
- Τεχνολογίες Θερμοκηπιακών καλλιεργειών-Καλλιέργειες χαμηλής κάλυψης.(ECTS 7,5)
- Αρωματικά και φαρμακευτικά φυτά(ECTS 7,5)
- Προχωρημένες γνώσεις Αειφορικής-Βιολογικής Γεωργίας. (ECTS 7,5)
- Ειδικές γνώσεις ολοκληρωμένης διαχείρισης εχθρών και ασθενειών. (ECTS 7,5)
Β) Μεταπτυχιακή εργασία(ECTS 15)
3ο Εξάμηνο (ECTS 30)
- Μεταπτυχιακή εργασία (30 ECTS)